Una richiesta d'intervento giunge all'Agenzia Alfa dalla stazione scientifica sottomarina Atlantis: non viene specificato il motivo della chiamata, ma viene espressamente richiesto l'invio di Nathan Never. Giunto sul posto, l'Agente Speciale inizia le proprie indagini e si rende subito conto che qualcosa di grave è accaduto: infatti, al di là dei quattro membri della squadra di collegamento con la superficie, che non hanno alcun contatto con l'interno della stazione, i laboratori risultano completamente deserti… Un'oscura minaccia grava sull'umanità intera e solo Nathan e una misteriosa mutata di nome Ysha possono tentare di scongiurarla!